Em domínios do Windows 2000, o modo de domínio no qual domínio de todos os controladores de um domínio estiver executando Windows2000 e um administrador de domínio mudou o modo de operação do domínio de modo misto para o modo nativo. Modo nativo suporta grupos universais e aninhamento de grupos. No modo nativo, os controladores de domínio executando o WindowsNT4.0 ou anteriores não são suportadas. Em domínios do Windows Server2003, modo nativo é conhecido como 'Windows 2000 nativo', e é um dos três níveis funcionais domínio disponíveis.