In domini di Windows 2000, la modalità di dominio in cui dominio tutti i controller di un dominio eseguono Windows2000 e un amministratore di dominio ha attivato la modalità di funzionamento del dominio dalla modalità mista alla modalità nativa. Modalità nativa supporta gruppi universali e Nidificazione dei gruppi. In modalità nativa, il controller di dominio che eseguono WindowsNT4.0 o versioni precedenti non sono supportati. In domini di Windows Server 2003, modalità nativa è indicato come 'Windows 2000 nativo', ed è uno dei tre livelli funzionali dominio disponibili.