Σε Windows2000 τομείς, η λειτουργία του τομέα σε κάθε τομέα που εκτελούν ελεγκτές σε έναν τομέα Windows2000 και ένας διαχειριστής τομέα έχει αλλάξει ο τρόπος λειτουργίας τομέα από μεικτή κατάσταση λειτουργίας να εγγενής λειτουργία. Εγγενής λειτουργία υποστηρίζει ευρείες ομάδες και ένθεσης των ομάδων. Σε εγγενή μορφή, οι ελεγκτές τομέα που εκτελεί WindowsNT4.0 ή νωρίτερα δεν υποστηρίζονται. Σε τομείς με Windows Server2003, εγγενής λειτουργία αναφέρεται ως «Windows2000 μητρική», και είναι ένα από τα τρία λειτουργικά επίπεδα τομέα διαθέσιμες.